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NSH的定义说明

以下将分章节详细介绍系统各功能点的操作
1.X-mer算法介绍。
2.NSH的定义。
3.CE和LE的交叉反应说明。
4.Filtering的说明。

NSH的定义

NSH反应作用涉及捕获引物组和标记延伸引物组的交互以及通用序列在bDNA检测中导致高检测背景。. 最小化NSH反应是一个成功的引物组设计必不可少的一部分。因此, Probedesigner能够筛选出引物探针以排除那些可能通过NSH反应导致背景的升高。 (引用一个关于NSH反应的文献, see M. Collins et. al., NAR Vol 25, no. 15, Aug 1997).

在开始之前，一件重要的事情是我们如何定义“通用”序列。这些分子，在所有BDNA检测系统中是通用的（即相同的通用化学类型），调解目标的捕获和信号放大。 对于SYSTEM 1检测系统 (开放试剂盒), 他们包括了分支链DNA分子, AP探针 和在包被板上的捕获探针 (PSCP)。 对于SYSTEM 8检测系统, 他们包括了分支链DNA分子 (附带iso-C, iso-G), 前放大体分子和在板上的捕获探针， CE CE和LE引物组的尾巴 (也被成为延伸) 也被认为是通用的，通过间隔与特定的扩展序列拼接后，他们共同协同似使得探针杂交到通用序列上以及随后的信号放大成为可能。对于任何一个化学系统而言，这些通用序列组合在一起形成一个文件导入到ProbeDesigner软件中成为一个组

从一个探针组中筛选探针可能会导致高背景的涉及以下几个方面内容：
• 识别能够导致非特异性杂交的通用延伸的反应 ；
• 评估形成于通用序列和延伸序列之间的杂交稳定性；
• 评估任何潜在的稳定交叉反应对背景的影响。

对于NSH交叉反应System 1化学系统是这么描述的。 交叉反应的不同，取决于引物是作为CE引物还是LE引物。早期的设计过程中，我们没有指定引物的服务类型，任何引物都可以是CE引物或LE引物。 因此, 对于所有的引物组都是进行两次的分析，一种假设作为CE引物服务，一种假设作为LE引物服务。

Probedesigner估计杂交稳定性及其背景影响。每一个相互作用的混合稳定性使用X-聚体算法评估（下面讨论），和混合背景的贡献乘以这个预测的加权因子的具体作用的稳定性计算。每个交互相关的系统1的共性评分如下。虽然建议使用默认设置，混合参数和NSH加权因素可以改变程序内使用NSH对话框。

作为一个例子，注意ce-amp臂相互作用重15倍。如果混合的稳定性从X-聚体造方法是计算，说，“1”，这种相互作用的CE NSH的成绩是15分（的富润机械制造结果的15倍）。现在，如果你正在关注，你想知道为什么CE -“放大器- ARM”的互动给予更多的重量比行政长官“AMP领导人”和行政长官-“AP探针”的互动。为15x3分子，每个AMP武器有AP探针三结合位点。这将产生45个结合位点的AP和CE探针应该有非特异性配对。从概念上讲你可以想象为什么这是一个互动，我们希望避免NSH。

对于System 1 化学体系的NSH交叉反应

参阅